El Equilibrio marcó el regreso de Saúl Hernández a la escena musical después de la separación de Caifanes y las múltiples operacions de garganta a las que fue sometido. Partiendo con el sencillo "Detrás de los Cerros", el cual era adornado por un sonido muy a la Carlos Santana, el disco rápidamente fue bien recibido por todos los fans que añoraban un retorno musical de los Caifanes aunque fuera con otro mote. Otras canciones como "Las Ratas no Tienen Alas", Clávame Mejor los Dientes", "Huracán" y "Déjate Ver" son temas bien estructurados los cuales convertían los conciertos de la banda en "Ceremonias Mágicas# tal y como lo definían ellos mismos. Este disco tuvo un toque obscuro muy influenciado por los aportes de una banda como La Barranca, esta combinación en vivo causaba gran asombro para los conocedores del buen rock.

Para 1999 Jaguares lanza el disco doble titulado "Bajo el Azul de Tu Misterio" el cual incluía un disco en vivo y un disco en estudio con canciones hechas bajo un concepto "acuoso". Nuevamente el taller incluía diferentes invitados como: Alfonso André (Batería), Sabo Romo (Bajo), César López "Vampiro" (Guitarra) y Jarris Margalli (Guitarra). En esta época se dan los mejores conciertos del grupo donde la raza se juntaba a vivir verdaderos rituales donde abundaban las velas, la nostalgia, las atmósferas acuáticas, guitarras elegantes y filosas y como las definía Saúl "Eran como un ladrillazo en la cabeza"

La fama de los Jaguares se consolida a partir de su segunda producción y empieza a invadir los rincones comerciales del país, su fama se extiende al extranjero y remarcan su labor activista con diferentes organizaciones como "Las Muertas de Juárez", UNICEF, los Derechos de Los Indígenas, Amnistía Internacional, incluyendo un histórico concierto al lado de Maná en el Estadio Azteca llamado "Unidos por la Paz" adentrándose en temas políticos y sociales como el EZLN. Paradójicamente algún sector de sus seguidores (fieles desde Caifanes) interpretaron este tipo de actividades como foros para ganar popularidad y alcanzar mayores ventas de discos provocando largos debates entre los rockeros con el cuestionamiento ¿Jaguares ha caído en las garras de la comercialización?. Este es aún un tema de harta polémica de los cuales se encuentran defensores y retractores. Mas tarde en el año 2000 la banda produce el disco "Cuando la Sangre Galopa" donde por primera el taller se convierte en grupo, el cual es integrado por Saúl Hernández, Alfonso André y César López "El Vampiro" guitarrista destacado en bandas como Azul Violeta y Maná.

En este disco fueron acompañados por Leonardo Muñoz en las percusiones y Chucho Merchan en el bajo. Este disco presenta caras diferentes ante la crítica en donde algunos lo catalogan como una producción un tanto decayente esperando encontrar un nuevo sonido en la banda mientras que otros medios lo catalogan como un disco que refuerza el sonido de la banda y otorga un sello particular a lo que se venía escuchando. Lo cierto es que el disco incluye un buen set de percusiones y guitarras que ayudan a confirmar que Jaguares tiene tela de donde cortar. En esta producción Saúl y Alfonso se aventuran a realizar, por primera vez, la producción del disco al cien por ciento. Destacan rolas como "Como Tú" y "El Secreto".

En el año 2001 y con un disco hecho "al vapor" Jaguares presenta el disco "El Primer Instinto" el cual era totalmente acústico, el grupo muestra nuevamente una cara diferente y según palabras del grupo el disco fue hecho a petición de la gente derivado de un conicerto masivo en el Zócalo de la Ciudad de México el cual fue presentado ante la mayor convocatoria de todos los tiempos por el grupo quédandose con el record de asistencia hasta ese momento. EL disco incluía la participación musical de La Sonora Santanera, Los Lobos, el mariachi Sol de México y un cover a la canción "Te Lo Pido Por Favor" de Juan Gabriel la cual se convirtió en una de las mas populares del grupo. Nuevamente la selección de covers y artistas populares del país desconcertó a sus mas encarnizados seguidores los cuales seguían viendo estos "homenajes" como vías para lograr mayores ventas mas que como verdaderos tributos de la banda.

Con esa gran responsabilidad que siempre carga una banda histórica, la nueva producción de Jaguares es demorada por mas de 3 años y es hasta el 2005 cuando aparece su cuarta producción de estudio "Crónicas de un Laberinto". Su público lo recibe con ansias aunque su paso por la radio no es tan abrumador como en discos anteriores. Adrian Belew, Saúl Hernández y Alfonso André se dan a la tarea de producirlo y esta vez regresa al bajo Federico Fong, quién en ese momento ya no formaba parte de La Barranca. El disco se vuelve mas básico, mas puro en el sonido mexicano que Saúl ha tratado de seguir obsesivamente con altas y bajas y bajas pero siempre insistente en desafiar las notas para conseguir un sonido característico. La batería de Alfonso no es tan dominante como sucedía con Caifanes pero no por eso pierde protagonismo. Las rolas "Tú Me Liberas", "Madera" y "Espejo" son rolas dignas de escuchar de su cuarta producción.

Sobra mencionar las múltiples presentaciones de la banda que van desde el Estadio Azteca, el Zócalo capitalino, el Universal Amphitheather de Los Angéles, EL Palacio de los Deportes, festivales como Rock al Parque en Argentina, Vive Latino, Teatro Metropólitan, Foros en España y Argentina entre otros muchos más.

Saúl Hernández mantiene su proyecto paralelamente con una labor activista en diferentes asociaciones civiles y humanitarias. La imágen de los Jaguares no se limita a transmitir sonidos a el público y parece llegar mas allá como un mensaje social y de amor por las raíces de nuestro país con un toque místico y mágico. El nombre de la banda no se limita a un típico animal de la sierra Sur-Este del país, sino mas bien es manejando como "un símbolo de fuerza, un guerrero del espíritu como lo conceptualizaban los antiguos Mayas, un señor del inframundo, el que descubre lo que no se encuentra a simple vista".